BLUE REFLECTION: Second Light folgt den Abenteuern dreier Schüler, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo und Yuki Kinjou, die sich plötzlich ohne Erinnerungen in einer geheimnisvollen schwebenden Akademie wiederfinden. Einzig ihre Namen sind ihnen noch bekannt. Sie müssen nach Hinweisen suchen, mithilfe derer sie den Weg nach Hause wiederfinden.